Храм Трех Святителей был домовым храмом при Симбирской Духовной семинарии. В 1853 году ученическая столовая была перестроена в храм, который первоначально был освящен в честь святителя Петра Митрополита Московского. Однако в 1864 году церковь сильно пострадала от пожара. Было решено восстанавливать храм по новому проекту, разработанному Симбирским архитектором А.А. Белоусовым. 21 ноября 1870 года храм был освящен в честь Трех Святителей. В те годы при храме было открыто Братство Трех святителей, которое вело духовно-просветительскую работу и помогало малоимущим семинаристам. Храм был закрыт в 1918 году, а имущество по описи было передано Вознесенскому собору. Долгие годы здание церкви пребывало в запустении. С 1960–1996 годы здесь располагалась скульптурная мастерская. В 1996 году здание церкви было возвращено Русской православной церкви, однако в этом же году оно было демонтировано. От прежнего строения осталась только одна колокольня, которая была построена в 1893 году. В 1998 году на месте демонтированного здания началось строительство нового храма по проекту В.И. Некрасова. Церковь строится исключительно на благотворительные пожертвования прихожан Михайло-Архангельского храма.