Клиника НИИ медицинских проблем Севера СО РАМН – крупнейшее подразделение института. Учреждение работает в системе ОМС и ДМС, в рамках территориальной программы государственных гарантий оказания населению бесплатной медицинской помощи. В структуре клиники следующие отделения: консультативно-диагностическое, кардиологическое, физиотерапевтическое, гастроэнтерологическое, хирургическое, неврологическое, педиатрическое, анестезиологии и реанимации, операционный блок. В штате медицинского учреждения 92 врача, 46 из них имеют ученую степень кандидата и доктора наук. В числе сотрудников заслуженные врачи РФ и отличники здравоохранения. Клиника является практической базой ординатуры и аспирантуры института. Учреждение имеет мощную материально-техническую базу. Оборудованы кабинеты УЗИ, рентгенологический, функциональных исследований, нейрофизиологических методов исследования, эндоскопии. В физиотерапевтическом отделении имеется аппаратура и техника для электросветолечения, парафинотерапии, амплипульс-терапии, индуктотерапии, ингаляции лечебными растворами, высокочастотной терапии, лазерной терапии. Работают водолечебница и кабинеты массажа. В клинике имеется стоматологический кабинет, оснащенный установкой Каva–promatik, качественным инструментарием и вспомогательной аппаратурой.