Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук считается первым научным учреждением Академии наук в сибирском регионе. Он был основан в 1928 году на базе Байкальской лимнологической станции. В штате института - 322 сотрудника, в том числе 1 академик РАН, 110 кандидатов и 15 докторов наук. В учреждении функционируют 12 лабораторий: ихтиологии, биологии водных беспозвоночных, водной микробиологии, гидрофизики, гидрологии и гидрохимии, геносистематики, палеолимнологии и т.д. Кроме этого, в Лимнологическом институте СО РАН действуют отдел по международным связям, два стационара в поселке Листвянка на берегу озера Байкал, которые оборудованы всем необходимым для проведения исследований, лабораторных работ и проживания ученых во время экспедиций. Также в составе Лимнологического института есть центр коллективного пользования «Пресноводный аквариумный комплекс», созданный для проведения исследований и изучения гидробионтов озера Байкал в искусственных условиях. Основной деятельностью НИИ является проведение комплексных исследований водоемов Сибири, в частности озера Байкал. Ученые изучают механизмы образования озерных систем, их биоразнообразие и эволюцию, проводят исследования гидробионтов и современного состояния водоемов, прогнозируют их развитие. Результаты исследований, проведенных сотрудниками института, публикуются в ведущих междисциплинарных изданиях Российской академии наук.