Основу Первой общероссийской ассоциации врачей частной практики составила Гильдия врачей частной практики, основанная весной 1998 года в Самарской области. Создание новой организации не вызвало среди медиков особого энтузиазма. Подобные объединения, объединяющие стоматологов, терапевтов, хирургов или врачей каких-то иных специальностей, создавались в течение 90-х годов не раз. Все они дублировали деятельность либо профсоюзов, либо научных сообществ. Самарская Гильдия и созданная позднее на ее основе Общероссийская ассоциация основала свою деятельность на иных принципах. Сразу же был взят курс на системную интеграцию и координацию на федеральном уровне. Организация обеспечивает регулярный обмен информацией между региональными отделениями Ассоциации. Большую роль в этом играют печатные издания и информационные листки организации. Ассоциация активно сотрудничает с лицензионными палатами, организациями, осуществляющими медицинское страхование граждан, производителями медикаментов и медицинской техники, медицинскими вузами, государственными лечебными учреждениями, банками, Союзом частных клиник Российской Федерации, банками и различными предпринимателями.