Центр «Биоинженерия» был учрежден в 1991 году как самостоятельный научно-исследовательский институт при Академии Наук. С 2007 года Центр присоединился к РАН в качестве его структурного звена. Основными направлениями работы Центра обозначены генетическая инженерия, биотехнологии и информационно-компьютерные разработки в области молекулярной биологии. Структура Центра состоит из нескольких научных подразделений. Это отделения системной биологии, биотехнологии и биоинженерии клеток млекопитающих. В рамках отделений действует 6 лабораторий. Помимо них в Центре работает еще две лаборатории: для молекулярной диагностики и для информационного обеспечения. Центр «Биоинженерия» РАН кроме своей основной деятельности занимается проведением мастер-классов для старшеклассников. Ежегодно проходит научно-образовательный проект «Кадры для биоинженерии», во время которого отбираются лучшие выпускники вузов с целью пополнения кадровых резервов Центра. «Биоинженерия» работает над рядом проектов, последние из которых - президентская программа для поддержки молодых ученых и интеграция высшего образования с фундаментальной науки. Центр много раз становился победителем конкурсов и получал Государственные премии благодаря своим инновационным научным достижениям.