ЦЭМИ РАН создали еще в 1963 году, благодаря инициативе, которую проявил В.С. Немчинов. Главной задачей института было и остается – внедрение математических методов и ЭВМ в практическое управление и планирование, при создании оптимальной теории управления народным хозяйством. Конечно сейчас, эта мысль звучит иначе, и она уже была развита в фундаментальную теорию и методику моделирования экономики, во время переходного периода. Между тем, институт занимается разработкой, экономико-математических и программ, связанных с алгоритмами средств для анализа экономики. На сегодняшний день ЦЭМИ РАН, является крупнейшим центром экономической науки и образования, который смог объединить в себе несколько факультетов, ряд кафедр передовых институтов столицы, и академический научно-исследовательский институт. В настоящее время, главой института является академик В.Л. Макаров. Руководящую должность, он занимает с 1985 года.