История Центра египтологических исследований РАН начинается с конца 1999 года, когда Президиум РАН отдал распоряжение о создании данной организации. Уже через год было сформировано структурное подразделение в Каире, которое на сегодняшний день можно назвать основной научной базой для исторической и археологической работы участников Центра в Египте. Основная цель деятельности организации заключается в реализации научных исследований, позволяющих тщательно и детально изучить историю и культуру Египта древнего периода и средних веков. Основу исследований составляет археологическая деятельность участников Центра. По результатам найденной информации регулярно публикуются различные монографии и статьи. Главным направлением всей деятельности Центра можно назвать восстановление памятников культуры древнего Египта, исследование истории этого периода, а также предоставление полученных результатов широкой аудитории. Данная организация также участвует во многих проектах, ориентированных на популяризацию исторических и религиозных знаний о данной территории. Центр взаимодействует и сотрудничает с большим количеством ВУЗов России, Европы и Египта.