Детская музыкальная школа №16 открылась в 1950 году. В то время в ней работало всего 12 человек, обучение проходило по 2-м специальностям – фортепиано и аккордеон. За десятилетия работы школы количество обучающихся возросло до 480 человек, которые выбирают для себя одну из 22 специальностей. В 1992 году школе присвоили имя выдающегося пианиста и педагога Якова Владимировича Флиера. С этого дня школа ежегодно проводит конкурсы-фестивали им. Я.В. Флиера, ставшие ярким явлением музыкальной жизни столицы. За время существования школы ее окончили более 3500 учащихся. Больше 450 выпускников стали профессиональными музыкантами, 18 из них преподают в родной школе. Учащиеся школы успешно участвуют в конкурсах и фестивалях международного и всероссийского уровней. Коллектив школы активно занимается общественной работой. Заключены договора о сотрудничестве с детским домом, библиотеками и детскими садами. С 1 сентября 2010 года до настоящего времени в школе идет открытие новых направлений и специальностей. Среди них – класс виолончели, вокал, инструменты эстрадного оркестра, включая джазовое фортепиано, электро- и бас-гитару, саксофон, трубу и тромбон. Созданы эстрадно-симфонический оркестр и эстрадный ансамбль младших классов.