История Института эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи РАМН начинается с конца XIX века. В 1891 году в Москве появился Частный химико-бактериологический институт доктора Ф.М. Блюментиаля. Он занимался анализами, приготовлением реактивов и питательных сред и представлял собой масштабный диагностический центр. С 1919 года институт получает статус государственного учреждения. Идет изготовление сывороток и вакцин, выполнение диагностических анализов, а также научно-исследовательская работа. Издается журнал «Гигиена и эпидемиология». В 1931 году Государственный бактериологический институт вместе с Оспенным и Микробиологическим институтами образуют Центральный институт эпидемиологии и микробиологии. Круг решаемых задач расширяется, осуществляется подготовка санитарно-эпидемиологического законодательства. В 1949 году произошло присоединение к Академии наук и присвоение заведению имени академика Н.Ф. Гамалеи. В 1966 году институт за свои заслуги получил ордена Трудового Красного Знамени. В последующие годы НИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи все больше переключался на разработку крупных теоретических проблем. Сегодня институт активно сотрудничает с зарубежными научными центрами и внедряет в практику различные программы относительно здоровья и профилактики инфекционных заболеваний.