Естественнонаучный институт был основан в 1921 году при Пермском государственном университете. Ученые занимались исследованием природы Западного Урала, проводили комплексные гидробиологические обследования водоемов в регионе, заложили основы новой в то время науки – экологии. В настоящее время Естественнонаучный институт является крупным НИИ, в составе которого четыре научно-исследовательских отдела: радиоэкологии, химии, геологии и охраны природы. Научные подразделения института объединяют 20 лабораторий. Коллектив ученых работает над проблемами синтеза элементоорганических соединений, исследует механизм, статику и кинетику гетерогенных процессов, создает научные обоснования экологически допустимых антропогенных нагрузок и т.д. Сотрудниками создан целый ряд разработок природоохранных технологий, которые удостоены высоких правительственных наград. Проекты НИИ становятся победителями различных конкурсов в рамках государственной целевой программы. Ученые принимают участие в отечественных и международных научных конференциях, публикуют результаты своих исследований в известных научных изданиях как в России, так и за рубежом.