Центральный научно-исследовательский институт экономики, информатики и систем управления был создан в 1969 году. В это время он являлся головной технико-экономической организацией в оборонной промышленности СССР. Также до 1991 года ЦНИИ ЭИСУ был главным вычислительным центром Миноборпрома. Основная деятельность в этот период – создание программ и прогнозов развития оборонной промышленности. С 1992 года ЦНИИ ЭИСУ осуществляет информационно-аналитическое обеспечение промышленности и вооружений. Разрабатываются программы конверсии и реструктуризации оборонной промышленности, а также концепции ее перехода на рыночные отношения. С 2005 года учреждение становится главным по информационно-аналитическому обеспечению деятельности Рособоронзаказа. В 2010 году происходит передача Института в ведение Минобороны и Минпромторга России. В настоящее время он является открытым акционерным обществом. При ЦНИИ ЭИСУ имеются научный совет, аспирантура. Оказываются телекоммуникационные услуги, услуги в сферах безопасности и земельно-имущественных отношений. К продаже представлена продукция: аппаратное обеспечение, программное обеспечение, базовые информационные технологии.