Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора принимает участие в осуществлении политики государства в сфере обеспечения санитарного и эпидемиологического благополучия населения страны, а также принимает меры по первичной профилактике заболеваний. Здесь ведется нормативное, научное и информационное обеспечение по проблемам эпидемиологического надзора. Коллектив учреждения всемерно развивает и совершенствует лабораторное дело. Центр ведет работы по метрологии, стандартизации и аккредитации в системе учреждений Роспотребнадзора, осуществляет собственную материально-техническую и кадровую политику. При возникновении чрезвычайных ситуаций учреждение проводит соответствующие санитарные и эпидемиологические мероприятия. Организация участвует в проведении гигиенического и социального мониторинга на федеральном уровне. При необходимости проводит санитарные экспертизы, обследования и расследования, а также эпидемиологические и токсикологические испытания, гигиенические и прочие виды оценок. Одна из задач Центра – статистическое наблюдение за обеспечением благополучия населения в области эпидемиологии и всесторонний учет инфекционных заболеваний в связи с негативным воздействием вредных факторов среды.