Федоровская церковь была построена в период с 1725 по 1748 года по проекту Трезини П.П.. Здание церкви замыкает собой юго – восточный угол монастырской квадратной постройки. В 1770 году состоялось освящение верхнего храма церкви в честь святого князя Фёдороа – брата Александра Невского, нижний же храм был освящён во имя Иоанна Златоуста. В 40- х годах XIX века церковь была перестроена и вновь освящена: верхний предел – во имя Святителя Николая Чудотворца, а нижний был освящён в честь князя Фёдора. В XIX веке в Федоровском храме производились захоронения усопших. После революции церковь была закрыта, внутреннее убранство уничтожено. В 1996 году здание было возвращено верующим, до сегодняшнего дня Церковь святого благоверного князя Феодора Новгородского закрыта в связи с проведением восстановительных работ.