Федеральный медицинский исследовательский центр был основан в Ленинграде в 1980 году как НИИ кардиологии и в дальнейшем получил имя своего первого директора, академика В.А. Алмазова. До 2015 года носил название ФГБУ «Федеральный Центр сердца, крови и эндокринологии им. В. А. Алмазова». В январе 2015 года медицинский центр переименован в федеральное государственное бюджетное учреждение «Северо-Западный федеральный медицинский исследовательский центр». Сегодня Северо-Западный федеральный медицинский исследовательский центр по праву считается одним из крупнейших научно-лечебных учреждений страны, оказывающих специализированную, в том числе высокотехничную медицинскую помощь. Это динамично развивающееся учреждение. Последние годы стали для Центра решающими: расширяется как научная, так и клиническая сфера деятельности, открываются новые научные подразделения. В настоящее время в Центре работают шесть научно-исследовательских институтов, в 2010 году введен в эксплуатацию перинатальный центр, реконструирован лечебно-реабилитационный корпус, растет объем высокотехничной помощи. В 2014 году филиалом Центра стал Российский научно-исследовательский нейрохирургический институт им. проф. А.Л. Поленова. Из специализированного кардиологического учреждения Федеральный Центр преобразовывается в ведущее многопрофильное.