Гидрографическое Общество учреждено 28 апреля 1992 г. как региональное общественное объединение, занимающееся содействием развитию научной и практической гидрографии, профессиональным совершенствованием гидрографов, содействием повышению уровня образования в области гидрографии. Членами Общества является более 200 человек из Санкт-Петербурга и других городов России, а также Украины и Эстонии. В составе Общества 2 члена РАН и 6 членов других академий, 16 докторов наук и 34 кандидата. Общество является соучредителем журнала «Навигация и гидрография» и соучредителем Санкт-Петербургского Союза научных и инженерных обществ, поддерживает партнерские отношения организациями мира.