Гимназия №406 Пушкинского района является продолжателем традиций отечественного гимназического образования, которое предполагает приоритет гуманитарного направления. Такой подход реализуется в учебном заведении посредством расширенного изучения дисциплин гуманитарного цикла, введения особых предметов:культура и история Санкт-Петербурга, мировая художественная культура. В начальных классах - со 2 по 4 - углубленно преподается английский язык, а в 5 классе дети выбирают для изучения второй иностранный язык – французский или немецкий. Совершенствованию навыков немецкого языка у учеников способствует сотрудничество с гимназией «Франсисцеум» немецкого города Цербста. В гимназии существует отделение дополнительного образования, которое подразделяется на 4 центра: оздоровительный, научно-исследовательский, художественный и творческий. В рамках этих центров работают многочисленные секции, творческие коллективы и кружки: театральная студия «Дебют», клуб «Юный шахматист», студия изобразительного искусства, хореографический ансамбль «Лукоморье», кружки исследовательской деятельности в области гуманитарных, естественных и точных наук, кружок «Обучение игре на гитаре», секции по легкой атлетике, баскетболу, волейболу, музыкально-театральная студия.