На сегодняшний день ОАО «Гипрорыбфлот» является единственной организацией на территории России и СНГ, которая занимается проблемами развития и обеспечения эксплуатации рыбопромыслового флота. Основное направление деятельности «Гипрорыбфлота» - это проектирование портов, рыбоперерабатывающих и рыборазводных предприятий. На базе организации работает институт «Гипрорыбпром», непосредственно занимающийся данным видом деятельности. По проектам института построены Бисеровский рыбокомбинат в Московской области, Калужский осетровый комплекс, рыбоперерабатывающие комплексы с холодильниками в Мурманской области и многие другие объекты. Специалисты технологических подразделений ОАО «Гипрорыбфлот» также занимаются разработкой технологий переработки рыбы и морепродуктов, методов идентификации и определения безопасности сырья и готовой продукции. В «Гипрорыбфлоте» работают над способами повышения экологической безопасности рыбоперерабатывающих производств путем замены агрессивных технологических средств в технологических процессах на слабоминерализированные водные растворы. Кроме того, ведутся работы по созданию биоразлагаемых упаковок и покрытий и тому подобное.