Головной центр гигиены и эпидемиологии – ведущее учреждение, выполняющее методическое и организационное руководство другими подобными центрами на особо опасных производствах. Специалисты учреждения включаются в состав оперативных подразделений специального назначения, призванных оказывать практическую помощь в местах возникновения радиационной опасности, массовых инфекционных заболеваний и отравлений. Центр включен в реестр органов, осуществляющих сертификацию испытательных лабораторий. Сотрудники учреждения проводят расследования и санитарно-эпидемиологические экспертизы, испытания и прочие виды оценок на соответствие гигиеническим и эпидемиологическим требованиям к факторам среды. Осуществляется анализ проектной документации, относящейся к объектам хозяйственной деятельности. По результатам анализа готовятся санитарно-эпидемиологические заключения. Центр проводит экспертные работы, направленные на оценку различных видов продукции и производственных процессов, а также проверку на соответствие продукции регламентам и требованиям международных организаций. Проводятся исследования хозяйственных объектов и факторов среды обитания. При необходимости специалисты Центра принимают участие в клинических и диагностических исследованиях медицинского, биологического и бактериологического характера.