Первые, дошедшие до нас письменные упоминания о храме в Дегунино, в связи с его уничтожением чужеземной ратью, относятся ко второй половине 16 века, хотя само Дегунино называется селом с середины 14 века. В тридцатых годах 17 века на средства местного священника вместо сожженной церкви здесь строится новая деревянная церковь с престолом в честь Иоанна Богослова. В 1866 году в селе, по благословению патриарха Филарета, была построена новая каменная церковь во имя Святых князей Бориса и Глеба. Главный вклад в воздвижение храма внес купец Василий Акимович Прорехов. После большевистского переворота церковь действовала до 1930 года. Затем службы в ней прекратились из-за отсутствия священников. Официально храм закрыли в 1941 году, а здание переоборудовали под амбулаторию. После передачи здания храма православной общине, началось его восстановление. Настоятелем церкви с того времени и по нынешний день является протоиерей Георгий Таранушенко. Богослужения в настоящий момент в храме проводятся ежедневно. Кроме того, приход ведет активное социальное служение, оказывая помощь Московскому НИИ педиатрии и детской хирургии, детскому дому для детей-инвалидов, психоневрологическому интернату, городской клинической больнице и хоспису, расположенным в Северном административном округе столицы.