До 17 века на месте Храма святителя Николая в Котельниках стояла небольшая церковь Живоначальной Троицы. Первое упоминание об этом здании относится к 1574 году. В дальнейшем церковь переименовали в Николаевскую, она стала усадебным храмом Строгановых. В 20 веке храм был разорен, его помещение отдали под ПТО «Центрогеологию» Мингео СССР. В 1992 году здание вернули православным, в этом же году провели первый молебен и литургию. С этого момента начинается восстановление храма, он стал подворьем Словакии и Чешских земель в Москве. В 2000 году Михаила Дандара назначили первым настоятелем храма святого Николая в Котельниках. Сейчас настоятель– архимандрит Серафим. Он назначен на этот пост 27 марта 2014 года. 24 апреля в Троицко-Сергиевой лавре Патриарх Кирилл вручил Серафиму Шемятовскому удостоверительную грамоту. В храме святителя Николая в Котельниках проводятся социальные служения: помощь инвалидам, людям, страдающим от алкогольной зависимости, и малообеспеченным семьям. При церкви работает воскресная школа и культурный центр. По строгановским традициям в храме до сих пор проводятся концерты духовной музыки: пасхальные, рождественские и великопостные песнопения.