Первые сведения, появившиеся о храме, датированы 1613 годом. Однако тогда он был известен как храм св. Николая Чудотворца. В 1696 году по указу полковника Франца Лефорта здание храма подверглось тотальной перестройке, появилась деревянная церковь для солдат первого Московского полка, освященная в честь Апостолов Петра и Павла. В 1711 году деревянную церковь сменил каменный храм, который можно увидеть и по сей день. Главная церковь – во имя Святых Апостолов Петра и Павла, а два придела – во имя св. Апостола Евангелиста Иоанна Богослова и преподобного Сергия Радонежского. Архитектурный ансамбль венчают семь глав. Колокольня сужается шатром и имеет сквозные просветы. На ней подвешено 8 старых колоколов. Высота храма вместе с крестами достигает 38 метров. Над западным входом в храм расположено изображение Казанской иконы Божией Матери, над южным – Владимирская икона Богоматери, а над северным – икона Печерской Божией Матери со святыми Антонием и Феодосием. На территории храма находится могила бывшего настоятеля – протоиерея Анатолия Новикова и монахини А.И. Бабкиной. В настоящее время Храм Святых Апостолов Петра и Павла в Лефортово является охраняемым памятником культуры.