Санкт-Петербургское отделение Института геоэкологии РАН является интеграционной структурой, выполняющей инженерно-геологические, геоэкологические и гидрогеологические исследования. Деятельность учреждения строится на инновационных и традиционных наукоемких информационных технологиях. Организация ведет работы в регионах России и за пределами страны. В своей работе институт применяет геофизические, гидробиологические и изотопные методы исследований, а также математическое моделирование, позволяющее точно воспроизводить производственные и научные процессы. Ряд разработок носит фундаментальный характер. Это относится к исследованиям процессов, относящихся к радионуклидному транспорту в подземной среде, к миграционным явлениям с наличием фазовых переходов, к фильтрации хлорорганических соединений. Уже несколько десятилетий коллектив учреждения разрабатывает гидроэкологическое направление исследований. В его рамках намечены основы геофильтрации подземных вод, разработаны методы полевых наблюдений и опытных работ. Сотрудники института выполняют широкий комплекс практических исследований на территориях загрязнения подземных вод в ряде регионов страны.