Институт океанологии им. П.П. Ширшова РАН, Санкт-Петербургский филиал образован в марте 1966 года на базе лаборатории математического моделирования циркуляции океана и атмосферы. В настоящее время филиал имеет 4 лаборатории: лабораторию геофизических пограничных слоёв; лабораторию моделирования океанских биогеохимических циклов; лабораторию оптики океана и атмосферы и лабораторию численных экспериментов по динамике океана. Направления научной деятельности Петербургского филиала включают исследование геологии, геофизики и геохимии литосферы морей и океанов, океанский седиментогез, загрязнения мирового океана, антропогенной изменчивости морских экосистем, климатологии и гидрохимии морей и океана, а также природных катастроф в мировом океане (в т.ч. землетрясения, подводные извержения, оползни и цунами) и другие.