Институт проблем региональной экономики был создан в 1974 году. В то время он назывался Институт социально-экономических проблем Академии Наук СССР. Сегодняшнее название было присвоено Институту в 1999 году. В числе научных сотрудников Института – академик РАН, 15 докторов и 24 кандидата наук. Коллектив Института занимается проведением фундаментальных и прикладных исследований развития экономики регионов во взаимосвязи с эколого-социальными, эколого-экономическими, социальными и демографическими факторами. Ежегодно в Институте проходят общероссийские научно-практические конференции, посвященные экономическим проблемам российских регионов. На постоянной основе работает теоретико-методологический семинар. Практико-прикладные исследования Института прежде всего связаны с проблемами северо-западных регионов России. Институт ведет подготовку высококвалифицированных научных кадров в аспирантуре, докторантуре и через систему соискательства по специальности: «Экономика и управление народным хозяйством». Имеется диссертационный совет, проходит защита кандидатских и докторских диссертаций. В Институте действует филиал Библиотеки РАН.