Институт Проблем Транспорта РАН образован в 1990 году и является правопреемником Комиссии АН СССР по проблемам транспорта. Институт занимается фундаментальными исследованиями межотраслевых проблем транспорта в области развития и прогнозирования транспортных сетей России, включая безопасность транспортных систем, их экологический мониторинг, управление, компьютерное оснащение транспортных систем и процессов, а также разработкой перспективных видов транспорта и проблемами транспортной энергетики. За время существования Институт получил новые методы, обеспечивающие взрыво- и пожарную безопасность на водном транспорте; разработал уникальные модели прогнозирования воздействия различных видов транспорта на человека и окружающую среду. Институт Проблем Транспорта активно сотрудничает с американской транспортно-консультационной фирмой ALK Associates Inc., Калифорнийским технологическим институтом, Техническим университетом г. Варна, кроме того, идет обмен информацией с министерством транспорта Финляндии.