Институт системного анализа РАН входит в подчинение Федерального агентства научных организаций России. Здесь ведутся теоретические исследования в сфере информационных технологий и системного анализа. Методология решения системных задач позволяет ученым Института разрабатывать новые способы оценки эффективности инвестиций, формулировать принципы управления развитием регионов и реформировать естественные монополии. ИСА РАН считается признанным лидером сразу в нескольких междисциплинарных направлениях мировой и отечественной науки. Сотрудники Института рассматривают вопросы информатики и управления, разрабатывают системы искусственного интеллекта, занимаются математическим моделированием социальных процессов. В стенах учреждения разрабатываются технологии и модели, которые с одинаковым успехом используются в обеспечении здоровья населения и в организации виртуальных сообществ. Важное место в исследованиях занимает разработка приложений системного анализа к изучению сложных социально-экономических, технических и экологических процессов и объектов. В рамках направлений деятельности Института ведется анализ производственного, территориального и макроэкономического развития. Разработки научного коллектива позволяют также довольно точно прогнозировать глобальные изменения среды обитания человека.