В 1894 году в Коломне появился эстонский православный приход, объединивший эстонцев, проживавших в Санкт – Петербурге и пригородах столицы, однако, храма для богослужений у общины не было, поэтому было решено выстроить собственную церковь в центральном районе Санкт - Петербурга. Архитектором здания церкви и прилежащего к ней церковного дома стал Полещук А.А. спроектировавший храм в русско –византийском стиле. 30 марта 1903 года была освящена временная деревянная часовня. К 1907 году был возведён каменный двухэтажный храм: Исидоровская церковь, постройка которой осуществлялась на деньги прихожан. Нижний придел церкви был освящён в 1908 году во имя Николая Чудотворца, а верхний - в 1907 году во имя Исидора Юрьевского. В феврале 1935 года храм был закрыт, а его внутреннее пространство переконструировано. Храм был возвращён верующим в 1994 году, были проведены масштабные работы по восстановлению прежнего архитектурного образа церкви. Храм открыт для прихожан, также работает Воскресная школа и библиотека.