Лицей №13 был основан на базе 13-й средней школы г. Химки, построенной и открытой к сентябрю 1979 года. Школа была открыта в микрорайоне, где проживали работники научно-производственного объединения имени Лавочкина. Так как в учреждении обучались в основном дети сотрудников НПО, образовательная программа была в первую очередь ориентирована на научно-технический и аэрокосмический профиль. В 1979 – 1982 годах школа работала по системе дифференцированного обучения. С 1982 по 1986 годы на факультативах углубленно изучались физика, биология, математика, иностранные языки. С 1986 по 1989 на базе школы №13 функционировала инженерная аэрокосмическая школа «Орбита», при поддержке факультета МАИ. В 1988 году был открыт девятый класс аэрокосмического профиля. С 1989 по 1993 годы на базе 13-й школы действовал Муниципальный аэрокосмический лицей. В 1993 году заведению был присвоен статус «Аэрокосмическая школа-лицей №13». С момента основания и по настоящее время лицей №13 продолжает тесно сотрудничать с Научно-производственным объединением имени Лавочкина и прочими институтами и предприятиями аэрокосмического профиля. Треть выпускников лицея в дальнейшем связывают свою профессиональную деятельность с этой отраслью.