Женский монастырь Святителя Иоанна Милостивого расположен на центральной площади поселка Мстёра, буквально через стену от мужского Богоявленского монастыря, и был основан практически одновременно с ним. В писцовых книгах 1628-1630 гг. впервые упоминается деревянная церковь Иоанна Милостивого. К середине XVII в. при ней был создан женский монастырь, возможно, как домовой монастырь княгинь Ромодановских, некоторые из которых в документах упоминаются как монахини. Как известно, Богоявленская слобода (с XIX в. – Мстёра) была вотчиной дворянского рода Ромодановских. Считается, что именно в женском монастыре зародилась мстёрская вышивка гладью, которая стала одним из прославивших Мстёру традиционных художественных промыслов. По указу Екатерины II, в 1764 г. монастыри в Мстёре были упразднены, и церковь Святителя Иоанна Милостивого стала приходской. В конце XVIII в. ансамбль бывшего женского монастыря состоял из деревянной церкви Иоанна Милостивого с двумя приделами, шатровой колокольни с главным входом, каменной ограды, и небольшой часовни. В 1809 г. деревянная церковь Иоанна Милостивого была разобрана и на ее месте построен одноглавый каменный храм. В 1860-е годы на средства вязниковского промышленника, уроженца Мстёры О.О. Сенькова в храме был положен чугунный пол, расписаны стены бригадой мастеров из Палеха, а также перестроена колокольня. Благодаря этому почетному жертвователю, в храм приобретались ценные иконы и церковная утварь. В 1929 г. церковь Иоанна Милостивого была опечатана, кресты и колокола сняты, дорогая утварь национализирована. В начале 1930-х годов храм был приспособлен под клуб: стенная роспись закрашена, построена сцена. Колокольня и ограда были разобраны, а часовня превращена в лавку по продаже керосина. В конце 1950-х годов разобрали и часовню. Кирпич от разборки бывших монастырских сооружений использовался для нового строительства: с северной стороны здания – фойе клуба, а с западной стороны – кинобудки и касс. После таких перестроек в стиле так называемого «сталинского ампира» церковь потеряла свой первозданный вид, стала абсолютно непохожей на культовое сооружение. В 2005 г. возобновлена деятельность женского монастыря Святителя Иоанна Милостивого. Началось восстановление храма: установлен главный купол и крест на нем, возвращен алтарь, разобрана старая кочегарка с восточной стороны здания и пристройка – с южной. Сегодня при обители действует социальный реабилитационный центр «Чаша Спасения» для бывших наркоманов и алкоголиков, а также людей, оказавшихся в тяжелой жизненной ситуации.