Морская гидрометеорологическая обсерватория занимается производством и организацией гидрометеорологических наблюдений в прибрежной зоне водной системы восточная часть Финского залива - Невская губа - река Нева. Наблюдения ведутся на автоматическом метеокомплексе, речных гидрологических постах, временных речных постах, морских гидрометеорологических станциях и морских гидрометеорологических постах, объединенной гидрометеорологической станции. Сотрудники обсерватории выполняют открытие новых станций и постов, проводят ремонтно-восстановительные работы на станциях и постах морской обсерватории, своевременно передают информацию о состоянии окружающей среды и ее загрязнении, а также выполняют первичную обработку результатов наблюдений.