ОАО «Московская аптека» занимается оказанием услуг по доверительному управлению предприятиями фармацевтического комплекса Москвы. Также основными направлениями деятельности компании является приобретение, транспортировка, хранение и реализация лекарств, предметов медицинского назначения, средств ухода, предметов гигиены, средств профилактики различных заболеваний. Кроме того в ассортименте подведомственных аптек — лекарственные растения и препараты на их основе, гомеопатические препараты, БАДы, минеральные воды, предметы для ухода за новорожденными, очковая оптика, парфюмерно-косметические средства (в том числе и лечебные), посуда для медицинских целей, стоматологические приборы, медицинская техника и литература. Также ОАО «Московская аптека» ведет инвестиционную деятельность с целью развития и расширения фармацевтического комплекса Москвы, оказывает услуги по финансовому посредничеству. Аптеки сети оказывают фармацевтические услуги и медико-социальные услуги, занимаются организацией оптовой и выездной торговли на предприятиях. Кроме того, компания выступает в качестве заказчика-застройщика при строительстве и ремонте зданий и инженерных сетей фармацевтического комплекса Москвы.