Научно-исследовательский институт детских инфекций (НИИДИ), основанный в 1927 году, специализируется на изучении патогенеза, диагностике и лечении инфекционных патологий у детей. Также в число направлений научной деятельности института входят вакцинопрофилактика инфекционных заболеваний, реабилитация выздоравливающих. В состав НИИДИ входят 15 клинических и лабораторных научных отделов, научно-практические центры, специализирующиеся на исследовании и лечении различных заболеваний, клиника, включающая 7 отделений, в том числе отделения интенсивной терапии и реанимации, кишечных и респираторных инфекций. В клинике института детских инфекций оказывается помощь по полисам обязательного медицинского страхования, за счет средств федерального бюджета и собственных средств граждан. Возможна плановая и экстренная госпитализация, работают стационары и амбулаторно-поликлинический прием. С 2010 года институт включен в государственную программу высокотехнологичной медицинской помощи детям с тяжелыми заболеваниями. В институте действуют программы послевузовского профессионального образования для аспирантов и для ординаторов, учебный симуляционно-тренинговый центр. НИИДИ также выпускает научно-практические журналы «Антибиотики и химиотерапия» и «Журнал инфектологии».