Нии Эндокринологии СПбМАПО основан в 2002 году. Основное направление деятельности НИИ это фундаментальные и прикладные исследования в области эндокринологии и разработка современных методов лечения различных форм эндокринной патологии. Институт расположен в центре города в историческом здании корпуса Э.Э.Эйхвальда на Кирочной улице д. 41. В состав НИИ входят 3 научных подразделения: научно-исследовательский отдел (НИО) клинической эндокринологии, научно-исследовательская лаборатория (НИЛ) экспериментальной эндокринологии и научно-исследовательская лаборатория (НИЛ) хроматографии. Нии Эндокринологии проводит научные исследования в разных областях эндокринологии, ведут консультативную работу, участвуют в формировании лекарственного формуляра по своей специальности.