НИИ эпидемиологии и микробиологии был создан в 1923 году и получил имя Луи Пастера, основоположника микробиологии. В настоящее время учреждение является единственным институтом в своем роде. В его работе в разное время принимали участие крупнейшие деятели российской эпидемиологии и микробиологии. Основные черты НИИ – многопрофильность по исследуемым инфекциям и комплексный подход к методологии. Коллектив Института способен самостоятельно решать все научные задачи, относящиеся к его области деятельности. С самого начала работы НИИ он стал приоритетным учреждением в разработке проблем инфекционных болезней. Вплоть до 30-х годов на его базе существовала противочумная станция, а впоследствии здесь был основан отдел по изучению проблематики очаговых инфекций. Институт выполняет координирующую функцию и выступает своеобразным центром по противоэпидемической защите населения страны. Результаты работы ученых публикуются в сборниках и научных журналах. Труды сотрудников НИИ вместе с кадровым составом учреждения составляют научный потенциал отечественной эпидемиологии и микробиологии. Сотрудники НИИ имеют специализацию в области кишечных, бактериальных, респираторно-вирусных и других инфекций, а также очаговых заболеваний.