История НИИ медицинской микологии началась в 60-годы минувшего века, когда в Ленинграде была создана первая проблемная лаборатория, специализировавшаяся в области микологии. Ее руководителем и организатором стал известный ученый, лауреат Государственной премии, профессор П.Н. Кашкин. В настоящее время работа НИИ ведется в рамках научной проблематики, имеющей отношение к микроскопическим грибам, являющимся возбудителями микозов. В исследовательской деятельности сотрудники Института используют как классические подходы, так и инновационные технологические решения. НИИ располагает солидной научно-исследовательской базой, необходимой для решения стоящих перед учреждением задач. В рамках выполнения исследовательских проектов коллектив НИИ изучает токсигенные свойства биологических деструкторов строительных материалов, в том числе на тонком структурном уровне. Ученые определяют степень деструкции и устойчивости материалов к воздействию биоцидов. Разрабатывается тестовая система для определения аллергенов в пробах воздуха, в пыли больничных и жилых помещений. Отдельные работы посвящены изучению эпидемиологии, клиники и патогенеза основных внутрибольничных микозов. К настоящему времени специалисты Института изучили более трехсот видов патогенных структур.