Государственный НИИ системного анализа Счетной палаты РФ с 2005 года стал базовой организацией государств-участников СНГ. Сфера деятельности института – проведение исследований в области международного и государственного финансового контроля. Функции НИИ: научное, информационное и методическое обеспечение исследований в сфере финансового контроля; предоставление государствам, участвующим в СНГ, результатов исследований; обеспечение взаимодействия научно-исследовательских учреждений; подготовка научных кадров; проведение исследований интеграционных процессов в области экономики, финансов и права; координация разработок по научно-исследовательским программам. Учреждение содействует всестороннему развитию международного сотрудничества Счетной палаты РФ, проводит регулярный мониторинг основных решений Международной организации высших органов финансового контроля (INTOSAI) и ее региональных структур. В НИИ ведется планомерная работа по систематизации, переводу и распространению новых методик и руководств, которые разрабатывает международное сообщество аудиторов. Учреждение регулярно участвует в подготовке административных и правовых решений, призванных повысить статус Счетной палаты РФ.