НИИ систем автоматизации с 70-х годов прошлого века ведет исследования в области создания автоматизированных информационных систем, используемых для управления данными и для обработки информации. На все виды деятельности учреждение имеет соответствующие лицензии, включая разрешения на те работы, которые включают государственную тайну. НИИСА ведет научные, проектные и прикладные разработки, а также осуществляет эксплуатацию технических систем управления в нескольких областях. Востребованы на рынке средства связи и системы управления, автоматические средства контроля и поддержания безопасности важных государственных объектов. Институт выполняет также разработки для поддержания деятельности органов МВД и для системы исполнения наказаний. Высоким качеством отличаются устройства, которые используются в портовых системах управления движением морских судов. В числе проектов НИИ – системы комплексного отображения ситуации в акватории порта, навигационной безопасности и эффективной передачи данных в реальном масштабе времени. Разработки Института позволяют вести непрерывный анализ данных об изменении обстановки и прогнозировать развитие различных экстремальных ситуаций.