НИИ столичного образования создан по инициативе Московского городского педагогического университета и Департамента образования столицы России. Институт призван осуществлять прикладные исследования в сфере педагогической и образовательной деятельности, включая научные и методические разработки в интересах системы столичного образования. Работа НИИ строится на основе государственных образовательных стандартов. Институт участвует в развитии концепции московского образования, в разработке и осуществлении долгосрочных целевых программ модернизации высшей школы. В рамках своей деятельности НИИСО разрабатывает концептуальные подходы к содержанию и методам общего и профессионального образования в регионе. Идет работа и над совершенствованием системы стандартов преподавательской деятельности. Специалисты НИИ разрабатывают современные модели руководства образовательными учреждениями с учетом специфики работы в столице. Особое внимание уделяется разработке методик обучения, ориентированных на практику. Идет подготовка системы оценок и критериев определения успешности и эффективности деятельности учреждений, работающих в сфере образования. Институт участвует в региональных и международных конференциях, посвященных проблемам обучения и педагогики.