Основу музейного фонда в 1868 году составило собрание палеонтологических экспонатов профессора Э. И. Эйхвальда. Именно эта коллекция и дала начало существованию Геологического музея Университета. Сбор экспонатов не прекращается со дня основания музей. И сегодня на выставке можно увидеть образцы и самых разных стран. Палеонтолого-стратиграфический музей имеет два отдела: учебный и монографический. В монографическом отделе представлены различные окаменелости, найденные на территории нашей страны, а также монографии, некоторые из которых доступны для ознакомления. Учебный отдел содержит горные породы и окаменелости. Эта экспозиция используется для проведения лекций и семинаров.