ПНИИИС ведет все основные виды исследований и проектные работы в области строительства, включая геодезические, инженерно-геологические, геоэкологические и гидрометеорологические. Предприятие способно выполнять изыскания в особо сложных геологических условиях, в том числе и там, где приходится осуществлять работы на талых и мерзлых грунтах. Широко применяется технология испытания грунтов в образцах и массивах полевыми и лабораторными методами. Учреждение проводит исследования сейсмических условий на тех территориях и площадках, где необходимо принимать во внимание сейсмические условия. Разрабатываются методы сейсмического районирования, уточняются исходные условия и свойства грунтов в районе возведения объектов строительства. Институт предлагает разработки по инженерной защите зданий, сооружений и территорий, а также природно-техногенных процессов. При этом составляются проекты мероприятий, разрабатываются программные средства по защите от опасных и вредных факторов среды, составляется прогноз их развития, проводится комплексная оценка рисков. Одно из направлений деятельности НИИ – проведение стандартизации и нормирования инженерной защиты, а также разработка нормативных документов и выпуск справочных изданий по определению цен на изыскательные работы.