Санкт-Петербургский экономико-математический институт в качестве самостоятельного учреждения ведет свою историю с 1990 года, хотя научный коллектив начал формироваться задолго до этого. Предшественником СПбЭМИ был вычислительный центр Математического института им. В.А. Стеклова. Было предложено в рамках Центра создать вычислительную базу со специальной тематикой. Тогда же сложилась научная группа, которая занималась вопросами автоматизации программирования. К моменту организации СПбЭМИ тематика математических и экономических исследований существенно расширилась. Сотрудники учреждения занимались развитием математического аппарата, имевшего прикладной характер и содержательную теоретическую глубину. В работах ученых были развиты принципы аксиоматического подхода к моделированию конфликтных ситуаций, которые проверялись на теоретических и игровых моделях. Исследования, проводимые в институте, заложили основы математической экономики и теории моделирования организационных структур управления. Были разработаны классы моделей экономического равновесия и методы дискретной оптимизации экономических процессов. Отдельное направление исследований – составление моделей массового поведения людей в городских системах. Разработки в данной области позволили создать методики анализа пассажиропотоков и потоков автотранспорта в мегаполисах.