Научный Совет по Проблемам Фундаментальной и Прикладной Гидрофизики создан в 1995 году распоряжением Президиума СПбНЦ РАН. Совет осуществляет свою деятельность по следующим направлениям: гидробионика; динамика и гидродинамика морских объектов; информационные технологии в задачах гидрофизики, проектирования и эксплуатации морских объектов; методы и средства регистрации гидрофизических полей океана и морских объектов; физические поля морских объектов, океана, атмосферы и их взаимодействие; фундаментальные и прикладные вопросы гидрофизики; экология гидросферы. Помимо этого, Совет ежегодно проводит всероссийские и международные (в том числе молодежные) конференции по тематике: "Прикладные технологии гидроакустики и гидрофизики". Также Научный Совет совместно с Санкт-Петербургским филиалом Института океанологии им.П.П.Ширшова (СПбФ ИО РАН) организует Конкурс научных работ студентов, аспирантов и молодых учёных Санкт-Петербурга в области океанологии. В 2008 году Совет начал выпуск научного журнала СПбНЦ РАН "Фундаментальная и прикладная гидрофизика" с периодичностью 4 выпуска в год, который со второго квартала 2013 года выпускается как журнал РАН.