Средняя школа-интернат №16 имеет статус учебного заведения с углубленным преподаванием отдельных учебных дисциплин. В ней расширенно преподаются предметы художественного цикла и иностранные языки – немецкий и английский. В школе реализуется ряд дополнительных развивающих программ для учеников разных возрастных групп. Программа подготовки к школе «ШИКарные дошколята» включает в себя уроки по развитию речи, хореографии, письму, художественному труду и английскому языку. Программа «Вторая половина дня» для младших классов носит комплексный характер: обучение этикету и культуре речи, чтение и обсуждение книг, экскурсии, тематические праздники. Многие развивающие программы связаны с усовершенствованием языковых навыков: «Английский язык без границ», «Немецкий язык – шаги к общению без словаря». Широко представлены кружки художественной, спортивной и естественно-научной направленности: хоровая студия, «Утро художника», студия художественного чтения «Вдохновение», кружок резьбы по дереву, студия пения «Веселые нотки», «Играем в математику», «Зоологический практикум», «Ритмическая гимнастика». Школа имеет два дошкольных отделения, включающие в себя ряд групп для детей различного возраста, в том числе группы кратковременного пребывания, подготовки к школе и группу «Особый ребенок».