Северо-Кавказский зональный НИИ садоводства и виноградарства является крупным селекционно-технологическим и научно-методическим центром, занимающимся исследованиями в сфере производства плодовой и ягодной продукции, виноделия, переработки и хранения ягод и плодов. Институт осуществляет также организацию экономики и научно-технической деятельности в данной сфере. НИИ имеет в своем составе Ставропольскую опытную станцию, специализирующуюся на садоводстве, а также опорные пункты по садоводству в Ростовской области и Краснодарском крае. При институте создано инновационное предприятие ООО «МИП «Агро-Инновация», которое призвано содействовать работе учреждения в развитии предпринимательской деятельности, в коммерциализации технологических разработок и интеллектуальных решений. Институт находится в постоянном развитии. Проведена реорганизация учреждения, в ходе которой были выделены крупные отраслевые отделы. Внутренняя структурная организация НИИ отражает взаимосвязи между функциональными подсистемами в общей системе производства продукции виноградарства и садоводства. Учреждение располагает проектно-технологическим бюро и несколькими исследовательскими лабораториями.