Средняя общеобразовательная школа №539 обладает статусом учебного заведения с углубленным преподаванием отдельных предметов. В этой школе, начиная со второго класса, углубленно изучается испанский язык наряду с английским. Этим определяется направление внеурочной и воспитательной работы. В школе создан самодеятельный театр «Торнадо», где ставятся спектакли на испанском языке, издается журнал SPANGLISH, рассказывающая об интересных событиях в странах, где говорят по-английски и по-испански, ежегодно проводится Декада иностранных языков, организуются поездки в Испанию. В школе введено преподавание нового предмета - «Основы религиозных культур и светской этики». Этот курс включает в себя шесть учебных модулей, посвященных культуре православия, ислама, буддизма, мировым религиозным культурам в целом и светской этике. Школа активно взаимодействует с родителями своих учеников: регулярно проводятся не только родительские собрания в традиционной форме, но и дни открытых дверей. В это время родители получают возможность поприсутствовать на уроках, встретиться с учителями-предметниками и обсудить все вопросы, интересующие их. В рамках отделения дополнительного образования «Вдохновение» работают кружки и секции спортивной, научно-технической и художественной направленности. Творческие работы учеников нередко представляются на выставках в зале «Смольный» , организуемые Союзом Художников.