Всероссийский НИИ агрохимии ведет свою историю с 1931 года, когда в СССР был создан Всесоюзный институт удобрений, призванный решать вопросы, связанные с химизацией земледелия. При непосредственном участии Института была введена в действие сеть полевых опытов с химическими удобрениями. Дальнейшее улучшение научного и методического руководства в обслуживании сельского хозяйства было связано с работой учреждения над внедрением математических методов, а впоследствии и вычислительной техники. Со временем НИИ стал основным научно-методическим центром, вошедшим в структуру из целой сети учреждений, отраслевых центров и станций агрохимии. Нынешнее наименование НИИ получил в 2003 году. Он носит имя академика Д.Н Прянишникова, который внес существенный вклад в становление учреждения, в определение его ключевых задач, разработку научной проблематики и методов исследовательской деятельности. За несколько десятилетий своего существования Институт дал стране множество квалифицированных специалистов и выдающихся ученых. В фокусе внимания научных подразделений НИИ находятся приемы управления процессом возделывания сельскохозяйственных культур средствами агрохимии, разработка средств защиты растений, методик применения удобрений, адаптивных биопрепаратов и регуляторов роста. В рамках разрабатываемых в Институте программ постоянно совершенствуется аналитический, метрологический и методический аппарат, а также вносятся коррективы в средства нормативного обеспечения деятельности.