ВНИИгеосистем был основан в 1961 году. За несколько десятилетий НИИ не раз менял статус и наименование, однако он сохранил коллектив высококвалифицированных сотрудников и основные направления своей деятельности. Специалисты Института ведут активную исследовательскую и преподавательскую деятельность, они являются членами известных научных организаций и объединений. Учреждение осуществляет технологическое и информационное обеспечение работ по разведке газа и нефти, твердых полезных ископаемых, подземных вод. При этом используется разработанный коллективом геологоразведочный принцип интегрированного анализа. В рамках своей деятельности НИИ осуществляет информационное обеспечение системы лицензирования в использовании недр и природных ресурсов. Среди направлений деятельности ВНИИгеосистем – формирование системы технологического обеспечения мероприятий по воспроизводству российской минерально-сырьевой базы. Данное направление включает в себя работы по стандартизации и сертификации продукции и метрологическому обеспечению геологических изысканий. Осуществляемая Институтом система контроля качества геофизических и геохимических работ охватывает всю территорию страны.