Автономная некоммерческая организация «Японский центр в Санкт-Петербурге» основана в 2001. Это учреждение является филиалом центрального московского офиса. Всего в России открыто семь подобных организаций. В центре регулярно проходят обучение представители российского бизнеса и руководители различных предприятий. Лекции читают авторитетные специалисты из Японии. Основные темы занятий: бухгалтерский учет на предприятии, современное управление компанией, маркетинговые технологии, внешняя торговля и др. «Японский центр» организовывает курсы по изучению японского языка, проводит различные общественные мероприятия при поддержке образовательных учреждений и властей Санкт-Петербурга. Для особо выдающихся слушателей курсов организовываются поездки на стажировку в Японию. Обучение в «Японском центре» проводится бесплатно. В центре работает открытая библиотека, где собраны материалы на японском, русском и английском языках, а также различные учебные пособия и видеоматериалы. При центре действует «Клуб выпускников Японского центра в Санкт-Петербурге», где проходят регулярные встречи людей, которых объединяет общий интерес в познании японской модели организации бизнеса.